Międzynarodowa Stacja Kosmiczna powstała w wyniku połączenia projektów budowy rosyjskiej stacji Mir 2, amerykańskiej Freedom oraz europejskiej Columbus. W listopadzie 2000 roku na ISS dotarła pierwsza stała załoga w składzie: William Shepherd, Jurij Gidzenko oraz Siergiej Krikalow.
Pierwsi mieszkańcy zaczęli nazywać stację Alfa (pierwsza), jednak sprzeciwiła się temu strona rosyjska, twierdząc, że pierwszy był radziecki Salut z 1971 roku. W zamian zaproponowała nazwę "Atlant", co z kolei nie spodobało się Amerykanom ze względu na zbytnie podobieństwo do zatopionej w morzu Atlantydy. Wobec braku innych pomysłów Międzynarodowa Stacja Kosmiczna do dziś nie posiada własnego imienia.
Pierwsze plany budowy stacji kosmicznej wspólnie przez USA, Japonię, Kanadę i Europejską Agencję Kosmiczną (Rosja dołączyła do nich dwa lata później) pojawiły się w 1991 roku. Projekt miał być realizowany w trzech etapach:
* I - przygotowanie modułów i międzynarodowe loty do rosyjskiej stacji Mir - zrealizowany w latach 1995-1998
* II - montaż i wstępna eksploatacja (1998-2001)
* III - dokończenie budowy i dalsza eksploatacja (pocz. 2001, koniec planowany w 2010 r.)
W 1998 roku do projektu dołączyła Brazylia. Pierwszy element stacji, rosyjski moduł Zaria, został wyniesiony na orbitę w 1998 roku. Do przybycia pierwszej załogi ISS wzbogaciła się o kolejne dwa moduły - amerykański Unity i rosyjski Zwiezda.
Dotychczas odbyto do stacji 16 lotów amerykańskich wahadłowców oraz 22 loty rosyjskie, w tym 8 załogowych. Konstrukcja wymagała 51 spacerów w przestrzeni kosmicznej, z czego 25 bazowało na wahadłowcach, 26 na ISS, a ich łączny czas wyniósł 318 godzin i 37 minut.
Państwa biorące udział w projekcie:
* USA - NASA
* Kanada - CSA
* członkowie ESA (Europejska Agencja Kosmiczna)
o Belgia
o Dania - DSRI
o Francja - CNES
o Hiszpania - INTA
o Holandia
o Niemcy - DLR
o Norwegia - NSC
o Szwajcaria
o Szwecja - SNSB
o Wielka Brytania
o Włochy - ASI
* Japonia - JAXA
* Rosja - Roskosmos
* Brazylia - INPE
Głównym zadaniem Międzynarodowej Stacji Kosmicznej ma być prowadzenie badań naukowych w warunkach mikrograwitacji, niemożliwych do osiągnięcia na Ziemi. Mają one pozwolić na udoskonalenie metod prowadzenia upraw, lepsze poznanie działania ludzkiego organizmu - a co za tym idzie możliwość wynalezienia nowych lekarstw, oraz pomóc rozwiązać wiele innych problemów na Ziemi. Na razie jednak, nie poinformowano o żadnym odkryciu dokonanym na ISS.
Począwszy od 2000 roku na ISS przebywało 130 osób, z tego 26 było członkami stałych załóg w ramach 10 ekspedycji. Dla porównania - rosyjską stację Mir w ciągu 14 lat odwiedziło łącznie 137 ludzi. Niemal 1/4 wszystkich astronautów stanowiło załogę Międzynarodowej Stacji Kosmicznej lub pojazdów ją obsługujących. Pierwotnie stałe załogi składały się z trzech osób, lecz po unieruchomieniu amerykańskich wahadłowców zmniejszono je do dwóch. Na razie żaden z członków ekspedycji ISS nie pochodził z innego kraju niż Rosja, bądź USA. Członkowie załóg ISS otrzymują następujące rangi: dowódca ekspedycji (Amerykanin CDR lub Rosjanin KOM), inżynier pokładowy (ros. BI, amer. FE), dowódca statku ratunkowego Sojuz (zawsze Rosjanin, KK) oraz pracownik naukowy ISS (SO, wprowadzone we wrześniu 2002).
Na przełomie lat 2001/2002 nastąpił znaczny kryzys w finansowaniu projektu. Ze względu na znaczne przekroczenie budżetu i jego dalsze zmniejszenie w latach kolejnych NASA, a co za tym idzie i inni partnerzy, zostali zmuszeni do ograniczenia projektu. Obecnie zakłada się, że w kilku najbliższych latach stałe załogi nie będą przekraczały 3 osób. Również zakładana wcześniej ilość modułów, zarówno w części amerykańskiej, jak i w rosyjskiej zostanie ograniczona, a do budowy stacji zostaną użyte przebudowane elementy zapasowe z innych projektów.
W sierpniu 2002 Brazylia poinformowała o swej rezygnacji z udziału w projekcie.
Po katastrofie promu kosmicznego Columbia w lutym 2003 roku program budowy został opóźniony i nieznacznie zmieniony.
W 2002 roku na ISS gościł pierwszy w historii kosmiczny turysta. Amerykański milioner Denis Tito zapłacił 20 milionów dolarów za osiem dni pobytu w kosmosie. Drugim, turystą był Mark Shuttleworth z RPA. W kosmos chciał polecieć również polski miliarder Leszek Czarnecki, ale nie udało się tego zrealizować. Trzecim turystą został Gregory Olsen w 2005 roku, udało mu się to pomimo złego stanu zdrowia. Kolejnym będzie najprawdopodobniej japończyk Daisuke Enomoto. ISS była także miejscem pierwszego kosmicznego ślubu. 10 sierpnia 2003 roku rosyjski astronauta Jurij Malenczenko ożenił się z Ekateriną Dimitriew, która przebywała wówczas w Teksasie.